V začetku petdesetih let 20. stol. je bil v Ljubljani razpisan natečaj za novo sejmišče, ki bi nadomestilo paviljone Ljubljanskega velesejma z obrobja parka Tivoli. Ker je bilo izbrano območje med Titovo cesto (danes Dunajsko) in nekdanjim Baragovim semeniščem, je bilo jasno, da bo potrebno cerkev in župnišče porušiti oz. prestaviti. Hkrati so stekli tudi postopki za razlastitev/zamenjavo parcel. S strani direktorja Gospodarskega razstavišča je bila predlagana gradnja nadomestne cerkve na območju župnije, vendar župnija na tako rešitev sprva ni želela pristati. Najprej so zaradi potreb izgradnje sejmišča, porušili župnišče, medtem ko je cerkev zaenkrat še ostala.
Poleti leta 1957 je bila sprejeta odločitev, da bo na Gospodarskem razstavišču med 22. in 26. aprilom 1958 potekal 7. kongres ZKJ (Zveze komunistov Jugoslavije), zato je bilo gradbena dela treba pospešiti, kar je vključevalo tudi rušitev cerkve. Župnija je zemljišče prepustila Gospodarskemu razstavišču, to pa je na svoje stroške izvedlo prestavitev Plečnikove cerkve na novo lokacijo na Vodovodni cesti. Prestavitev je vodil Plečnikov učenec in asistent Tone Bitenc, gradbena dela pa je izvajalo podjetje Gradis. Cerkev na novi lokaciji je bila dokončana proti koncu leta 1958.