Muzejska knjižnica poleg specializirane knjižnične zbirke hrani tudi več posebnih zbirk.
Kidričeva zbirka
Kidričeva zbirka je zaključena knjižnična zbirka, ki smo jo prejeli v dar in je v knjižnici postavljena ločeno kot corpus separatum. Skupaj z drugimi predmeti bivalne kulture, neposredno povezanimi z omenjeno zbirko, tvori zaokrožen knjižni kotiček.
Knjižno zapuščino sta zgradila literarni zgodovinar, esejist in akademik France Kidrič ter njegov sin, politik in gospodarstvenik Boris Kidrič. Zbirka zajema znanstvena, strokovna in leposlovna dela. Poleg publikacij s področja komunizma, socializma in gospodarstva, ki jih je zbral Boris Kidrič, je v knjižni zapuščini inkorporiran večji del knjižnice Franceta Kidriča s kulturnozgodovinskimi, literarnozgodovinskimi in leposlovnimi deli. Posebno dragoceni so prvotiski slovenskih književnikov, med njimi Antona Aškerca, Ivana Cankarja, Simona Gregorčiča, Josipa Murna – Aleksandrova, Otona Župančiča in drugih. Nekateri časopisi in knjige so opremljeni s posvetili avtorjev ali pripisi Franceta Kidriča, kar jim daje dodatno vrednost. Publikacije lahko pregledujete in berete v čitalnici, izposoja na dom ni mogoča. Gradivo postopoma vpisujemo v COBISS, do kataloga lahko dostopate tukaj.
Zbirka tiskov druge svetovne vojne
Zbirka tiskov druge svetovne vojne sodi med posebne knjižnične zbirke in obsega več kot 1.300 inventariziranih enot monografskih publikacij in 530 enot serijskih publikacij. Zbirka vključuje časnike in časopise, brošure, knjige, glasbene tiske in umetniške mape iz obdobja druge svetovne vojne. Med njimi prevladujejo dela, ki so nastala v sklopu narodnoosvobodilnega gibanja in v taboriščih. Slednja izpričujejo veliko ustvarjalno moč, prelito v preplet besedne in likovne umetnosti, propagande in obveščanja. Dela, ki so bila razmnožena v ciklostilnih tehnikah in tiskarnah, so pomemben dokument časa in del slovenske kulturne dediščine.
Zbirko hranimo v zaprtem depoju, za ogled originalnega gradiva v čitalnici se je potrebno predhodno naročiti. Uporabnike prosimo, da pri neposrednem rokovanju z gradivom upoštevajo navodila zaposlenih. Z namenom, da bi optimizirali dostop do vsebin kulturne dediščine in obenem zaščitili občutljivo gradivo pred morebitnimi poškodbami, zbirko postopoma digitaliziramo. Dostop do vseh doslej digitaliziranih vsebin je zagotovljen na namenskem računalniku v knjižnici. Za lažje iskanje in pregledovanje je 2.500 strani zbranih in urejenih v dveh podatkovnih zbirkah. Digitalizirane publikacije iz obdobja druge svetovne vojne so v skladu z avtorskopravnimi omejitvami delno na voljo tudi v Digitalni knjižnici Slovenije dLib.si.