Zbiranje muzejskih predmetov in ustvarjanje muzejskih zbirk se je začelo že med drugo svetovno vojno, zlasti pod okriljem partizanskega Znanstvenega inštituta. V prvih letih po vojni je v Muzeju delovala posebna terenska skupina z nalogo načrtnega zbiranja muzejskega gradiva, pomembnega za slovensko zgodovino. Pozneje so nalogo zbiranja prevzeli strokovni sodelavci Muzeja, ki so v skladu z muzejskim poslanstvom dopolnjevali zbirke in dokumentacijo o predmetih.

Fond muzealij se je posebej bogatil z zbiranjem gradiva ob pripravi stalnih in občasnih razstav, ob načrtnem spremljanju pomembnih dogodkov in z menjavo gradiva s sorodnimi ustanovami. Muzejske zbirke so bile prvotno vezane predvsem na vojno in vojaško gradivo, sčasoma pa so v depoje in pozneje tudi na razstave, vse bolj prihajali tudi predmeti civilnega izvora iz vseh obdobij 20. stoletja. Razmerje med enimi in drugimi se je z leti bistveno spremenilo, pri posameznih zvrsteh predvsem v korist civilnih zbirk (najbolj pri fotografskem gradivu, numizmatični, tekstilni in faleristični zbirki). V zbiralno politiko muzeja je bila vključena prva svetovna vojna in zbirke vezane na obdobje od slovenske osamosvojitve do današnjih dni.

Nastajajo tudi nove zbirke, med katerimi je potrebno omeniti zbirko ustnih virov, ki zajema avdio in video pričevanja iz 20. stoletja. Izredno obsežne so fotografske zbirke, ki zajemajo okrog 2.000.000 originalnih posnetkov, s čimer je Muzej novejše in sodobne zgodovine Slovenije, ustanova z največ fotografskega gradiva za 20. stoletje v Sloveniji. Danes tako hranimo v naših depojih številno gradivo, brez katerega je nemogoče raziskovanje in spoznavanje slovenske preteklosti zadnjega stoletja.