Preimenovanje v Muzej novejše zgodovine Slovenije je bilo leta 2003 kot logična posledica obsega in vsebine zbiranja, hranjenja, proučevanja in razstavljanja muzejskega gradiva za zgodovino dvajsetega stoletja. V tem času je bila za javnost odprta tudi nova stalna razstava »Slovenci v 20. stoletju«, za katero je bil Muzej nominiran za nagrado Evropski muzej leta 1998.
Poleg stalnih je Muzej pripravil tudi nekaj sto občasnih zgodovinskih in likovnih razstav v lastnih prostorih ali kot gostujoče po Sloveniji, nekdanji Jugoslaviji in predvsem v zadnjem času po Evropi. Razstave so dopolnjevali katalogi, brošure, zgibanke in drugo spremno gradivo.