Preimenovanje v Muzej novejše zgodovine Slovenije je bilo leta 2003 kot logična posledica obsega in vsebine zbiranja, hranjenja, proučevanja in razstavljanja muzejskega gradiva za zgodovino dvajsetega stoletja. V tem času je bila za javnost odprta tudi nova stalna razstava »Slovenci v 20. stoletju«, za katero je bil Muzej nominiran za nagrado Evropski muzej leta 1998.

Poleg stalnih je Muzej pripravil tudi nekaj sto občasnih zgodovinskih in likovnih razstav v lastnih prostorih ali kot gostujoče po Sloveniji, nekdanji Jugoslaviji in predvsem v zadnjem času po Evropi. Razstave so dopolnjevali katalogi, brošure, zgibanke in drugo spremno gradivo.

Stalna postavitev je bila od leta 1996 večkrat prenovljena in dopolnjena. Trudimo se, da ohranjamo stalno postavitev v koraku s spreminjajočimi se družbenimi procesi, ki oblikujejo naš historični pogled na preteklost. Zato se stalna razstava dopolnjuje, spreminja, dodajajo se nove zgodbe in pričevanja na življenje v prejšnjem stoletju.

Konec 50-tih let je Muzej začasno izgubil svojo samostojnost ter postal organizacijska enota novoustanovljenega Inštituta za zgodovino delavskega gibanja. Leta 1962 je bil s posebno uredbo ustanovljen Muzej ljudske revolucije. Sprva je bila zbiralna politika Muzeja usmerjena le na obdobje druge svetovne vojne, kmalu pa so začeli zbirati tudi gradivo za obdobje pred letom 1941 in po letu 1945.

Predhodnik Muzeja novejše zgodovine Slovenije je Znanstveni inštitut, ki je bil ustanovljen januarja 1944 pri IO OF (Izvršni odbor Osvobodilne fronte). Po ukinitvi Znanstvenega inštituta je vlada LR Slovenije 7. februarja 1948 ustanovila Muzej narodne osvoboditve. Jeseni 1951 se je Muzej preselil v Cekinov grad, se kadrovsko okrepil in leta 1955 je bila odprta prva stalna razstava.